באתר של הספרייה הלאומית בארה"ב  ישנו דף ובו  עשרות קישורים למגוון גדול של מדריכים  שקשורים לשימוש במאגר הביורפואי Pubmed כולל שימוש ב-MESH ,  שימוש ב- My NCBI,  ושימוש  ב- LinkOut  – גם לספרנים וגם למולים . המדריכים כוללים בין היתר גם כיצד לחפש מידע על    רפואה מבוססת ראיות  ב- Pubmed , מידע על מחלות, מידע תרופתי , מגוון סינונים על פי שדות ועוד.המדריכים הם במגוון פורמטים: PDF , קובצי וידאו ומצגות.

ועוד בהקשר  לשימוש ב- Pubmed כדאי להכיר את הכלי  Mesh on demand כלי זה מאפשר למשתמש שאינו בקי  במונחי ה- MESH להזין טקסט של עד 10000 תווים .   המערכת מנתחת את הטקסט בעזרת התוכנה  NLM Medical Text Indexer (MTI) ומציגה  מונחי MESH     רלוונטיים לטקסט שהוזן.  מידע נוסף על כלי זה אפשר למצוא  ב- NLM Technical Bulletin .

 המאגר הרפואי Pubmed  ומנוע החיפוש המדעי Google Scholar  שניהם  כלים חופשיים. עם גידול  השימוש בגוגל סקולר גם לחיפושים בתחום הרפואה,  מעניין  לערוך השוואה בין שני הכלים.

 מחקר שתוצאותיו התפרסמו  בגיליון אוגוסט  2013  של כתב העת  Journal of Medical Internet Research   עשה זאת. המחקר השווה את יעילות אחזור המידע של ספרות רפואית קלינית  בין  גוגל סקולר  ו- Pubmed .

 ההשוואה בוצעה על ידי 100  שאילתות מתחום  הנפרולוגיה שבוצעו בשני הכלים. מילות החיפוש לצורך החיפושים סופקו על ידי מומחים בתחום. ההערכה נעשתה על ידי השוואה של ההחזר והדיוק – 2 מדדים שימושים ומקובלים בהערכת מערכות מידע על פי פרדיגמת המערכת. נבדקו 40 תוצאות ראשונות בכל אחת מהמערכות. בנוסף לבדיקת שיעורי ההחזר והדיוק  נבדק  גם אחוז המאמרים  בטקסט מלא מתוך המאמרים הרלוונטיים שאוחזרו בכול אחת מהמערכות.

המחקר מצא שגוגל סקולר אחזר פי שניים מאמרים רלוונטיים מ- Pubmed ופי שלוש  מאמרים רלוונטיים בטקסט מלא.

 בהתחשב בעובדה שנבדקו 40 תוצאות ראשונות , יתכן שהיתרון בשיעורי הרלוונטיות של התוצאות בגוגל סקולר נבע מהאופן השונה של הצגת התוצאות בשתי המערכות ומהעובדה שגוגל סקולר מדרג את התוצאות על פי מידת הרלוונטיות. כאשר נלקחו בחשבון כל התוצאות ולא רק 40 התוצאות הראשונות שיעורי ההחזר היו דומים בגוגל סקולר ו- Pubmed ,  בעוד ששיעורי הדיוק  היו טובים יותר ב-Pubmed .  ממצאים אלה דומים לממצאי מחקרים קודמים בהם נערכה השוואה בין שני הכלים בתחומי רפואה אחרים. שיעורי ההחזר גדולים יותר בגוגל סקולר לעומת שיעורי דיוק גדולים יותר ב- Pubmed .

 בכל מקרה,  בהתחשב בעובדה שבדרך כלל  המשתמש לא בודק את כול התוצאות,  מסקנת המחקר על פיה מתוך 40 התוצאות הראשונות שיעורי המאמרים הרלוונטיים ואלה שנמצאו בטקסט מלא היו גבוהים יותר בגוגל סקולר, משמעותית  למשתמש.

להכללת התוצאות יש צורך  במחקרים דומים בתחומי רפואה נוספים .

 למאמר  המלא

גLibrary & Information Science Source (LISS) EBSCO

ב-23 באוקטובר Ebsco  הודיע על השקתו של המאגר הספרני  החדש – Library & Information Science Source – LISS

מאגר ספרני זה מציע טקסט מלא  מלמעלה מ- 460 כתבי עת ו- 30 מונוגרפיות בנושאים ספרניים.. הוא כולל תזאורוס והאינדקס שלו כולל מאות כתבי עת , ספרים, דוחות מחקר , דוחות כנסים, מידע על מחברים ועוד.

מאגר זה הוא אחד ממאגרי  מידע "super" החדשים של EBSCO  שמהווים מיזוג תכנים בין מאגרים קיימים של EBSCO  עם מאגרים של H.W. Wilson.

מאגר "super"  ספרני חדש זה – LISS  מהווה מיזוג של  Wilson’s  Library & Information Science Retrospective: 1905-1983  ו- EBSCO’s Libraries, & Information Science & Technology Abstracts with Full Text והוא מכסה מגוון נושאים רלוונטיים בתחום הספרנות: מיון, קטלוג, ביבליומטריקה, אחזור מידע, ניהול ידע ועוד.

על פי מידע באתר של אבסקו  המאגרים הבודדים של אבסקו שמרכיבים את מאגרי ה-"super" ימשיכו להיות נגישים בנפרד למנויים . מאגרי ה-"super"   הממוזגים עם מאגרי המידע של   Wilson יהיו אופציונליים בתשלום נוסף .

The Data Citation Index on Thomson Reuters Web of Knowledge

DATA CITATION INDEX   הוא מאגר חדש של  Thomson Reuters שכולל מידע ראשוני – נתונים – עליהם התבססו המחקרים  שכלולים באינדקס של  – Web of Knowledge . המאגר שהושק באוקטובר 2012 מהווה מקור אחד למידע ראשוני בתחומי המחקר השונים על ידי קישור נתוני מחקר שנמצאים במאגרים שונים בעולם כולו עם הספרות השפיטה- מאמרים, ספרים וכו'  שכלולה באינדקסים של Web of Knowledge. לצורך כך הוא משתף פעולה עם מאגרי נתונים כגון: Inter-University Consortium for Political and Social Research – ICPSR .

מאגר נתונים כזה יאפשר לחוקרים להגיע למקור הראשוני של הפרויקטים המחקריים, ישפיע על מהלכים עתידיים שלהם ימנע כפילויות ויאיץ את תהליך המחקר.

ב- 22  ליוני 2012 Thomson Reuters  חשפה  את המאגר  והודיעה שתציג אותו בכנס ALA   2012 . ב- 16 באוקטובר 2012  Thomson Reuters  הודיעה על השקתו של המאגר

getCITED הוא מאגר מידע אקדמי  חופשי שכולל מגוון מקורות מידע: מאמרים, ספרים ופרסומים מסוגים שונים כולל פרקים בודדים מספרים, ניירות עבודה ומצגות מכנסים  וגם דוחות.החומרים הוזנו על ידי חוקרים ואנשי אקדמיה למען הקהילה האקדמית כולה.

 השימוש באתר חופשי, שימוש מלא  באתר שמאפשר בנוסף לחיפוש גם עריכה והוספת פריטי מידע  כרוך בהרשמה חופשית. אפשר לחפש באתר, ותוצאות החיפוש כוללות  מידע ביבליוגרפי מלא של כל אחד מהפריטים ולרוב גם טקסט מלא.  לחיצה על כל אחד ממרכיבי הרשומה הביבליוגרפיה תספק לנו מידע על מרכיב זה. כך  למשל  לחיצה על שם כתב העת תציג לנו רשומה ביבליוגרפית עם פרטים מלאים של כתב העת כולל קישור לאתר הבית של כתב העת. לחיצה על שם המחבר תציג פרטים על המחבר, לחיצה על מחלקה תציג את כל חברי המחלקה.

 מאגר המידע ייחודי בכך שהמשתמשים – חוקרים  ואנשי אקדמיה תורמים את התכנים ובכך קובעים את תכניו של המאגר. ומאפשרים לו למלא תפקיד חשוב ככלי להפצת מידע  מחקרי .  בנוסף האתר משמש גם פורום לדיונים . באתר  מאפיינים חברתיים נוספים כגון יצירת ביבליוגרפיות משותפות.

 יתרונו הגדול של המאגר הוא בקישורים –  האפשרות לקשר את הפרסומים עם המחברים שתורמים  למאגר, המו"לים, פריטי המידע ברשימות הביבליוגרפיות והפרסומים שציטטו אותם.

 אפשר גם לקבל מידע סטטיסטי על פריטי המידע  במאגר כולל  מספר ציטוטים בפריטי מידע אחרים

 על פי המידע הסטטיסטי באתר מספר פריטי המידע במאגר הוא למעלה מ- 3 מיליון פרסומים ועתידו תלוי במספר פריטי המידע שיעלו חוקרים למאגר בעתיד. אין ספק שהוא יכול להוות מנוע חיפוש אקדמי נוסף ומיוחד.

לאתר   

המאגר UpToDate כולל מידע מקיף בטקסט מלא העונה על שאלות מעשיות בתחום הרפואה הקלינית. התוכן נכתב על ידי צוות רופאים מתחומי התמחות שונים ועובר בקרת איכות קפדנית טרם הכנסתו למאגר.

בזמנו כתבתי פוסט ובו דווח על מחקר של חוקרים מאוניברסיטת הארווארד שהתפרסם ב- 16 בנובמבר 2011 ב- Journal of hospital medicine שמצא קשר בין השימוש במאגר UpToDate בבתי חולים ובין קיצור משך השהייה של חולים בבתי חולים והצלת חיים.

אנו שמחים להודיע שהמאגר זמין עתה למשתמשי אוניברסיטת תל אביב .המאגר נגיש למשתמשים בקמפוס בלבד.

למאגר

כשזקוקים לנתוני בריאות במישור הבינלאומי כדאי לזכור את ארגון הבריאות העולמי.
עדכונים אחרונים – מאגר המידע European Health for All database עודכן בינואר 2012. עם למעלה למעלה מ- 600 אינדיקטורים, HFA-DB מאפשר גישה למגוון נתונים סטטיסטיים מ- 53 מדינות אירופה שחברות בארגון הבריאות העולמי.

גם מאגר המידע European mortality database – MDB עודכן בינואר 2012., המאגר מאפשר את ניתוח סיבות מוות . בינואר נוספו לו נתונים חדשים בנושא.

אחד היתרונות הבולטים של שירות המיפוי של גוגל היא הפתיחות שלו והאפשרות הניתנת למפתחים באמצעות מנשק תוכנה API ליצור מש-אפים (mashups ) בין שירות זה ויישומים אחרים ובכך להעצים את חווית המשתמש.

שירות כזה שמשלב בין טכנולוגיות המיפוי של גוגל ומאגר המידע הגיאוגרפי העולמי של רשות המיפוי האמריקאית – NGA – הוא אטלס המפות המקוון של העולם – MapAtlas .
אפשר לחפש בו על פי שם מקום, מפות לפי יבשת או מדינה ומפות לפי סוג המקום – צמחייה, טופולוגיה, דרכים ועוד..

הייחוד של יישום זה מעבר לשילוב המוצלח בין הטכנולוגיה ומאגר המידע הוא בהיותו פיתוח ישראלי, זמינותו בשפות רבות ומכאן הערך שלו בחשיפת אתרים ישראלים בעולם , כפי שעולה מדברי מפתחיו:
"האתר אטלס מפות מהווה מקור מידע ייחודי בעברית על איזורים גיאוגרפים בעולם. האתר מכיל מפות של מעל לשמונה מיליון מקומות בעולם, המחולקים ליבשות, ארצות וקטגוריות דוגמת הרים, עמקים, מקורות מים. כך יכול הגולש לקבל רשימה של רכסים בצרפת או יישובים מאוכלסים (לרוב ערים וכפרים) בספרד.

האתר הוא פיתוח ישראלי ומתורגם לאחת עשרה שפות ובכללן עברית, אבל הערך הגדול שלו בעבור ישראל, מעבר לגרסה העברית, הינו בחשיפה הבינלאומית של מקומות ואתרים ישראלים, כמו למשל רשימת הרים בישראל בשפה הספרדית.

האתר הוא פרי של שיתוף פעולה בין מידע מרשות המיפוי האמריקאית לבין טכנולוגיה של גוגל מפות ומאפשר לראות את מפת האתר במפה פיסית, צילום לווין ואף צילום תלת מימד (המצריך התקנת פלאג אין של Google Earth).

מי שיבצע חיפוש באתר, יוכל לגלות כי כמות המקומות בעלי שמות זהים בעולם רבה הרבה יותר משחשב, כך למשל קולורדו אינה נמצאת רק בארצות הברית, כי אם גם באקוודור, ונצואלה, קובה, ארגנטינה ועוד (הסיבה לכך היא שקולורדו הינה במקור מילה ספרדית שפירושה בעל מגוון צבעים). גם ירושלים היא עיר שתמצאו מלבד ישראל גם בפרו ובקולומביה, ואילו לונדון היא לא רק בירת אנגליה אלא גם יישוב בגינאה המשוונית."

לאתר

תודה לעדי על המידע

המאגר UpToDate כולל מידע מקיף בטקסט מלא העונה על שאלות מעשיות בתחום הרפואה הקלינית. התוכן נכתב על ידי צוות רופאים מתחומי התמחות שונים ועובר בקרת איכות קפדנית טרם הכנסתו למאגר.

מחקר חדש של חוקרים מאוניברסיטת הארווארד שהתפרסם ב- 16 בנובמבר 2011 ב– Journal of hospital medicine מצא קשר בין השימוש במאגר UpToDate בבתי חולים ובין קיצור משך השהייה של חולים בבתי חולים והצלת חיים. בבתי חולים שבהם רופאים נעזרים במאגר זה לצורך קבלת החלטות נמצאו זמן שהייה קצר יותר, מספר קטן יותר של מקרי מוות וביצועים איכותיים יותר.

המחקר נערך בתקופה 2004-2006 בבתי חולים בארה"ב והשתתפו בו 1017 בתי חולים שבהם השתמשו ב- UpToDate ו- 2305 בתי חולים שלא השתמשו בו. הממצאים מלמדים ש- 1017 בתי חולים שהשתמשו ב- UpToDate"חסכו" כ-372500 ימי אשפוז לשנה והצילו – 11500 חיים במשך תקופת המחקר.

ממצאים אלו משמעותיים כפי שמעיד על כך מחבר המאמר Ashish Jha

“These findings are significant because they provide evidence that access to clinical management tools such as UpToDate is likely directly associated with lower risk-adjusted mortality.”

ואכן מחקר זה תומך במחקרים קודמים שמצאו אף הם שמערכות תומכות החלטה יכולות לשפר את תהליך הטיפול ואיכותו.

פרטים נוספים על המחקר, שיטות המחקר ומגבלותיו אפשר למצוא במאמר המלא.

לכתבה בנושא
למאמר המלא
לתקציר

השבוע המו"ל Elsevier השיק מאפיין אינטראקטיבי חדש למאמרים בכתבי עת ביורפואיים ב- SciVerse ScienceDirect – מאפיין זה הוא מַשְׁקֵף – viewer – מיוחד שמציג מידע מתוך המאגר GenBank על רצפים גנטיים שקשורים לגנים שמופיעים במאמר. באופן זה מתהדק הקשר בין המאמרים ומאגרי המידע מבלי שהמשתמש יצטרך ל"קפוץ" מן המאמר למאגר לצורך קבלת מידע נוסף. יש לציין שפיתוח זה נעשה בשיתוף פעולה עם National Center for Biotechnology Information .

מַשְׁקֵף – viewer זה אינו היחיד. משקף נוסף שפותח הוא משקף לחלבונים שמציג במאמרים הרלוונטיים מידע על חלבונים מתוך Protein Data Bank . משקפים אלה פותחו במסגרת "פרויקט מאמר העתיד" של ELSEVIER ששם לו למטרה לשלב "digital enhancements" בספרות השפיטה, והם אינם באים להתחרות במאגרי מידע אלא לחשוף את המידע שבהם ולהנגישו למשתמש.

על פי דברי Aalbersberg בכיר ב- Elsevier , בעתיד Elsevier מתכנן לפתח משקפים נוספים למאגרי מידע נוספים כגון:
the Arabidopsis Information Resource, the Cambridge Crystallographic Data Centre, ClinicalTrials.gov, Online Mendelian Inheritance in Man, the Molecular Interactions Database, and UniProt.

. פיתוחם של משקפים נוספים למאגרי מידע אלה מותנה במספר גורמים ביניהם רצונם של הקוראים.

לכתבה בנושא

למידע נוסף

על פרויקט מאמר העתיד