מאמר מעניין מגיליון אוקטובר 2008 של PLos Computational Biology עוסק בנושא כלים ביבליוגרפיים וספריות דיגיטליות. המאמר מתמקד בתחום ביולוגיה ויישומי מחשב אך הוא רלוונטי לכל תחומי המחקר. ההגדרה של ספריה דיגיטלית על פי מאמר זה היא: מאגר מידע שכולל מאמרים מדעיים וטכניים, פרסומים מכנסים וספרים ברי חיפוש ודפדוף, תוך שימוש בדפדפן אינטרנט. בהגדרה רחבה זו נכללים גם מאגרים ביביליוגרפיים מקוונים.

דוגמאות לספריות דיגיטליות שמשמשים חוקרים בתחום יישומי מחשב בביולוגיה הם:
ACM Digital Library
IEE Xplore
DBLP
Pubmed
Web of Knowledge
Scopus
Citeseer
Google Scholar
arXiv

הבעיה עמה מתמודדים החוקרים בשימוש בספריות דיגיטליות היא לא רק איתור החומר אלא ארגונו בצורה יעילה. כל התהליך של איתור החומר וארגונו מסובך ו"קר". המחבר מכנה את מרבית הספריות הדיגיטליות הנוכחיות כ"קרות". חסרים בהם המימדים האישיים, החברתיים והאינטגרליים. אמנם חוקרים משתמשים לא מעט בתוכנות ביבליוגרפיות מסורתיות לארגון החומר (כגון:BibTeX, EndNote, Reference Manager   RefWorks ), ובכך מתווסף לספריות הדיגיטליות ההיבט האישי, אבל עדיין תוכנות אלו חסרות את האספקט החברתי של יכולת לשתף את החומר עם עמיתים. לעומת זאת הכלים החדשים שמציע הווב לארגון החומר מספקים גם את ההיבט החברתי של האפשרות לשתף את החומר, ובכך הם תורמים לתהליך ה"הפשרה" של הספריות הדיגיטליות ה"קרות". הם מאפשרים למשתמש גם לתייג את החומר ולאחזר את החומר בצורה יעילה. מדובר באתרי סימניות כגון:
CiteUlike
Connotea
גם Hubmed בזכות מאפייניו הייחודיים תורם ל"הפשרה"

אלו הם כלים במסגרת הגל הראשון של כלי Web2.0 , Library2.0 או אפילו Science2.0 . בעתיד קרוב לודאי שיתווספו כלים חדשים. כך לדוגמה המרכז  למחקר ב-British Library בודק אפשרות לפיתוח כלים חדשים בתחום זה בגיבויה של Microsoft – כלי Web3.0.

עתיד הספריות הדיגיטליות והפרסומים המדעיים הכלולים בהם אינו בטוח. מה שבטוח הוא שאנו עדים להתפתחותה של ספרייה דיגיטלית יותר אינטגרטיבית, בעלת מאפיינים של פרסונליזציה, חברותית יותר ידידותית יותר ונגישה יותר. קרוב לוודאי שנראה בעתיד הרבה יישומי ספריות דיגיטליות שינצלו את המאפיינים החברתיים החדשים של פלטפורמות כמו Facebook ו- OpenSocial. הזן החדש של כלים ביבליוגרפיים תומכים ומסיעים לשינוי זה, והכלים החדשים המתפתחים ישלימו ויעצימו את המגמה. הכלים החדשים גם תומכים במגמה החדשה המסתמנת של אינטגרציה והסרת החיץ בין סוגים שונים של מידע וידע.

אך ספריות דיגיטליות "חמות" יותר לא יושגו על ידי כלי תוכנה בלבד. בתהליך זה חייבות גם הספריות הדיגיטליות לנקוט מספר צעדים ……

על כך במאמר המלא…

ומשהו בנימה אישית… מהיכרות עם השירותים החופשיים לשמירה, ארגון ושיתוף מאמרים שהוזכרו במאמר כ"מפשירים" כגון: Citeulike ו- Connotea – הם אתרים מצוינים. בשל מאפייני השיתוף שלהם הם מהווים גם מקור לחיפוש מאמרים איכותיים, אך אין בהם, בשלב זה, כדי להחליף את התוכנות הביבליוגרפיות המסורתיות כגון: BibTeX, EndNote, RefWorks, שכן אין הם תומכים ביצירת רשימות ביבליוגרפיות. אך הם "עובדים" בשיתוף פעולה עם תוכנות ביבליוגרפיות מסורתיות ומאפשרים יצוא ויבוא הדדיים של רשומות. לעומת זאת Endnote Web, שירות של Web of Knowledge למנויים, יכול בנוסף לשיתוף הפעולה עם התוכנות המסורתיות גם לעמוד בפני עצמו בכל הקשור לניהול רשומות ביבליוגרפיות. יש בו כמעט את כל המאפיינים של התוכנות המסורתיות לצד המאפיין ה"מפשיר" עליו דובר במאמר- מאפיין ה"שיתוף". . יתכן שזה אחד הצעדים של הספריות הדיגיטליות לקראת ה"הפשרה" ואימוץ Science2.0 .