חשיבותם של מאגרי הפקדה מוסדיים שכוללים בתוכם את התנובה המחקרית של המוסד אינה מוטלת בספק. למרות זאת מנהלי המאגרים עדיין צריכים להוכיח לחוקרים ולמקבלי ההחלטות את חשיבותם של המאגרים ככלי מחקר אסטרטגי.

העדר ההכרה במאגרים המוסדיים ככלי בעל חשיבות אסטרטגית הופך בעידן של צמצומים כלכליים לעניין קריטי. למרות העובדה שמאגרים מוסדיים משתמשים בתוכנה של קוד פתוח והוצאות הקמתם צנועות יחסית בהשוואה למשאבי ספרייה אחרים , עדיין יש הוצאות תשתית טכנולוגית ותחזוקה.

בעתות של מצוקה כלכלית חשוב להעריך את הצלחתם של המאגרים המוסדיים בעזרת אינדיקטורים רלוונטיים.

מאמר שהתפרסם לאחרונה ב- Liber Quarterly מנסה לקבוע קריטריונים להערכה של מאגרים מוסדיים. הוא מונה 17 קריטריונים מהם מדדים חיצוניים ומהם מדדים פנימיים. המדדים הפנימיים קשורים לכמה גורמים:
• אינטראקציה בין החוקרים והמאגר כגון מספר הפריטים המופקדים על ידי כל חוקר, מספר פריטים שמורידים .
• השירותים המוספים של המאגר כגון : מספר פריטים שמופקדים במאגר מדי שנה, מדי יום, נגישות לטקסט המלא, מספר שירותים נלווים כגון סטטיסטיקות , מדריכים, שאלות נפוצות.
• מדדים שקשורים להיבט הפיננסי – כגון: מחיר להפקדה, מחיר להורדה
• ומדדים שקשורים לאספקט הלימודי כגון הוצאות על הדרכה

המדדים החיצוניים להערכת מאגרים מוסדיים קשורים לאינטראופרביליות, מימון חיצוני, והשתתפות בפרויקטים לאומיים ובינלאומיים.